Broedt van West-Europa en Noord-Afrika oost tot Roemenië; overwintert in tropisch Afrika; andere ondersoorten van Rusland oost tot Japan, Nieuw-Guinea, Australië, Nieuw-Zeeland en zuidelijk Afrika.

Tot 1 januari 1976 werden waarnemingen weliswaar regelmatig in CDNA-jaarverslagen opgenomen maar deze werden niet beoordeeld (cf LM 51: 145- 146, 1978; 52: 218, 1979). In 1980 werd door de CDNA besloten geluidswaarnemingen van de soort zonder bandopname niet langer te aanvaarden (cf DB 8: 29-30, 1986). Daardoor werden geluidswaarnemingen sinds 1 januari 1976 alleen aanvaardbaar geacht indien vastgelegd op geluidsband. Omdat gevallen van vóór 1980 niet waren herzien, werden in Zeldzame vogels van Nederland (1999, 2001) voor 1800-1975 alleen waarnemingen opgenomen van gevangen, op geluidsband opgenomen, gefotografeerde of verzamelde individuen.

Jansen (DB 35: 311-332, 2013) heeft alle gevallen van Kleinst Waterhoen in 1800-2006 echter alsnog herzien, waarbij strengere eisen werden gesteld dan in Zeldzame vogels van Nederland (2001). De CDNA heeft Jansens beslissingen integraal overgenomen. Het aantal aanvaarde exemplaren inclusief kuikens in 1800-2006 staat nu op 228, waaronder meer dan 50 broedgevallen in 1800-1975. De hoogste aantallen zijn van 2005 (17), 1857 (18) en 1971 (11). De maandverdeling was april (1), mei (26), juni (35), juli (11), augustus (17) en september (7). De soort wordt sinds 1 januari 2007 niet langer beoordeeld door de CDNA.

Zeldzame vogels van Nederland [2001]; ABvdBerg [2016]